A Santa Casa da Bahia é liderada por um Provedor. O cargo, voluntário e sem remuneração, é ocupado por um Irmão através de votação direta em Assembléia Geral, tendo os outros Irmãos como eleitores. O mandato é de três anos, sendo permitida a reeleição por igual período. O Provedor preside o Definitório e a Mesa Administrativa da Instituição, ​cujos membros também ​são eleit​os por um período de três anos.