Inaugurado em 2006, o Museu da Misericórdia pertence à Santa Casa de Misericórdia da Bahia (SCMBA) e está instalado em um palacete do século XVII, onde funcionou o primeiro hospital da Bahia.
Tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN) desde 1938, o prédio abriga um importante acervo histórico e cultural, com peças ligadas a grandes personalidades, como a cadeira utilizada por D. Pedro II durante visita à Bahia, em 1859, e a escrivaninha de Ruy Barbosa, que atuou como inspetor da repartição geral da Santa Casa da Bahia em 1876.
O Museu da Misericórdia mantém ainda a exposição permanente das 14 Obras de Misericórdia da Santa Casa, composta por peças produzidas por artistas como Bel Borba, Christian Cravo, Mário Cravo Júnior, Calasans Neto, Eliana Kertész, Luiza Olivetto, Juarez Paraíso, Sérgio Rabinovitz, Carmen Penido, Caetano Dias, Grace Gradin, Juraci Dórea, Maria Adair e César Romero.
A história do Museu da Misericórdia se confunde com a própria história de Salvador. Há cerca de 475 anos, quando Tomé de Souza chegou ao Brasil para fundar a cidade de São Salvador, foi construído um hospital provisório de taipa e palha para atender enfermos após a travessia marítima entre Portugal e a Baía de Todos-os-Santos.
Com a consolidação da cidade, foi erguido no local o Hospital da Caridade, primeira unidade hospitalar da Bahia, fundada pela Santa Casa da Bahia. O palacete do século XVII, que é tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN), funcionou como hospital até 1833, quando passou a abrigar exclusivamente a sede administrativa da instituição.