A Santa Casa da Bahia é liderada por um Provedor. O cargo, voluntário e sem remuneração, é ocupado por um Irmão através de votação direta em Assembléia Geral, tendo os outros irmãos como eleitores. O mandato é de três anos, sendo permitida reeleição por igual período. O Provedor preside o Definitório e a Mesa Administrativa da Instituição, cujos membros também são eleitos por um período de três anos.